Qunutda Quranın bu ayəsini oxumaq Peyğəmbərin sünnəsidir: “Rəbbəna atina fid-dünya həsənətən və fil-axirəti həsənətən və qina əzabən-nar”. Tərcüməsi: “Ey Rəbbimiz, bizə bu dünyada həsənə (savab və ya nemət) ver, bizə axirətdə də həsənə ver və bizi cəhənnəm alovundan qoru” (Bəqərə, 201).
Həmçinin bu duanı oxumaq müstəhəbdir: “La ilahə illəlahül-həlimül-kərim. La ilahə illəllahül-əliyyül-əzim. Sübhan Allahi rəbbis-səmavatis-səb’i və rəbbil-ərzinəs-səb’i və ma fihinnə və ma beynəhünnə və rəbbil-ərşil-əzim. Əlhəmdü lillahi rəbbil-aləmin”. Tərcüməsi: “Həlim və kəramətli Allahdan savayı məbud yoxdur. Uca və əzəmətli Allahdan savayı məbud yoxdur. Yeddi səmanın və yeddi yerin, onların içində və arasında olan hər şeyin rəbbi, əzəmətli ərşin rəbbi müqəddəsdir. Aləmlərin rəbbi olan Allaha həmd olsun”.
Mərhum Ayətullahül-üzma Seyyid Şihabəddin Mərəşi Nəcəfi öz oğluna ünvanladığı vəsiyyətnamədə buyururdu ki, qunut zamanı bu duanı oxumağı tərk etməsin: “Allahümmə inni əs’əlükə bihəqqi Fatiməti və əbiha və bə’liha və bəniha. Vəs-sirril-müstəvdəi fiha. Ən tüsəlli əla Mühəmmədin və Ali Mühəmməd. Və ən təf’ələ bi ma əntə əhləhü və la təf’əl bi ma əna əhləh”. Tərcüməsi: “Allahım, Fatimənin, onun atasının, ərinin və öğullarının, onda əmanət qoyulmuş sirrin haqqına Səndən istəyirəm ki, Mühəmmədə və Ali-Mühəmmədə öz salam və salavatını əta edəsən. Mənimlə Sənin özünə layiq şəkildə rəftar et, mənim layiq olduğum şəkildə rəftar etmə” (Yəni Sən mərhəmətlisən, mənə rəhm et. Mən isə günahkaram, məni cəzalandırma).
Əlbəttə, bu dua Ayətullah Mərəşi Nəcəfidən də əvvəl məşhur idi və oxunurdu. Ayətullah Mərəşi Nəcəfi vəsiyyətnamədə qeyd edir ki, bu duanı atasından və müəllimi Şeyx Mühəmməd Hüseyn Şirazidən, onlar məşhur alim Seyyid Mürtəza Kəşmiridən, o da öz sənəd silsiləsi ilə ünlü şiə alimi Seyyid ibn Tavusdan rəvayət edir. Bəzilərin dediklərinə görə, mərhum Ayətullah Mərəşi Nəcəfi bir neçə dəfə İmam Mehdi (ə.f) ilə görüşmüşdü. Onun tələbəsi Ayətullah Seyyid Adil Ələvinin sözlərinə əsasən, Ayətullah Mərəşi Nəcəfinin İmamla görüşlərinin birində o həzrət bu duanı namazların qunutunda oxumağı ona tövsiyə edibmiş. (Mühəmməd Fazil Məsudi. Əl-Əsrarül-Fatimiyyə, səh. 25).
Bu duadakı “Fatimədə əmanət qoyulmuş sirr” kəlməsinin hansı mənanı ifadə etdiyi barədə alimlər fərqli fikirlər söyləmişlər. Ən geniş yayılmış nəzəriyyəyə görə, burada Həzrət Fatimənin (ə) nəslindən olan, zühur vaxtına kimi gizli və sirrli halda (qeyb halında) yaşayan on ikinci imam Həzrət Mehdiyə (ə.f) işarə edilir.
